灵宝院区现设三个院区：灵宝市第二人民医院五龙路院区（新院区）、康乐路院区（原灵宝市第二人民医院老院区）、新华路院区（原灵宝市第三人民医院老院区），一院三区发展定位清晰明确，形成一体两翼，同质化管理、差异化协同发展体系。

五龙路院区：是2020年1月华信民生健康集团和灵宝市人民政府对灵宝市第二人民医院及第三人民医院同时改制，并以两家医院资源整合，优化合并而成，于2022年10月顺利搬迁至新院区，开业接诊；医院与三门峡中心医院签订战略合作协议，有20余位专家长期和定期驻院开展医疗诊治。新院区占地178亩，建筑面积25万平方米；规划床位1200张，设置职工1500人。目前现有职工806人，其中高级职称48人，中级职称227人，开放床位775张。

康乐路院区：灵宝市第二人民医院老院区，占地32亩，建筑面积1万平方米；以社区门诊医疗服务、老年病、内科病区、安宁疗护等特色为主，兼顾康养结合，规划床位150—200张。

新华路院区：灵宝市第三人民医院老院区，占地面积8380平方米，建筑面积6007平方米，以精神卫生专科、心理咨询、社区卫生服务、公共卫生为主，兼顾慢病管理，规划床位150—200张。